Однозначного ответа нет. Могу рассказать, как делаю я сам.
Сначала смотрю, какие вообще компании летают в пункт назначения (прямые рейсы проще всего смотреть на Яндекс-расписаниях). Потом пробегаюсь по сайтам соответствующих компаний.
Если ничего сразу не находится, иду на momondo.com — там удобная разблюдовка по ценам, очень наглядная. Иногда (не всегда) дешевле купить у посредников. Информацию по посреднику (в смысле насколько ему можно доверять, не бывает ли факапов) пробиваю поиском на forum.awd.ru.
Вот, кстати, как раз сейчас купил на ozon.travel (цены смотрел на момонде) билеты на август в Черногорию. Сработали отлично, через 15 минут после оплаты выслали маршрутные квитанции, пробил бронь по Sabre — все точно, билеты есть. И на пару тысяч дешевле вышло, чем непосредственно у авиакомпании.